講述在2095年的架空未來，魔法和科學皆成為生活中不可或缺的一環。描述魔法理論和魔法工學滿分但魔法實技成績差的「劣等生」司波達也，以及文科測驗與魔法實技總得分最高的「優等生」司波深雪，在國立魔法大學附屬第一高中過着異於常人的校園生活。 在經歷政治社團「Blanche」的襲擊、香港國際犯罪組織「無頭龍」對九校戰的介入、大亞聯合軍向橫濱的侵略、會憑依人的精神使其變質的魔物寄生物的出現，以及USNA 軍魔法師部隊「STARS」的總隊長安吉・希利鄔斯的來訪後，風波不斷的一年終於結束，而成為二年級生的兩人生活也些許的產生變化。 四葉家的女僕櫻井水波開始與達也等人同居，達也則轉科到了簡稱「魔工科」的新設立魔法工學科。雖然應該與深雪一起度過安穩的校園生活，但世界卻不允許這樣的事情發生…。接着，——動盪的日子又再次開幕。