四個神龜兄弟開始了他們的新冒險，二哥拉斐爾成為四龜隊長，變身獨樹一幟的筋肉男造型，他還擁有全新的超能力，聚氣之後爆發超能，有點像《鐵拳》丹尼蘭德，除此之外，拉斐爾是第三個用米開朗基羅標誌性用語“Booyakasha”的神龜，指揮萊昂納多、多納泰羅以及米開朗基羅探索紐約，對抗全新登場的敵人，發現超能力。他們最終利用神秘的忍者力量對抗新反派Baron Draxum