故事時間線設定在女神雅典娜剛剛打敗冥王哈迪斯，極樂淨土以及整個冥界正處於崩壞之時，此時已經沒有立足點的星矢等人正利用雅典娜神之力前往地上界的途中，然而就在這時，另外一個邪惡神明的出現正籌劃著侵襲大地，她就是古希臘神話中冷酷無情的復仇女神——涅墨西斯。 復仇女神涅墨西斯亦被譽為希臘神話中人格化為冷酷無情的神明，此番從聖域中甦醒過來，是對人類接連殺死神明的不滿，故要消滅人類、毀滅大地。與之相反，曾經作為反派的哈迪斯與波塞冬卻首次聯手拯救世界。海皇此次的復活不再與女神雅典娜為敵，而是受冥王哈迪斯所托，從企圖侵襲地球的新Boss復仇女神涅墨西斯手中保護人類和大地。為了守護地球的和平，海皇波塞冬挺身而出，替代此刻缺席的聖鬥士們來維護人間的安寧。為了提升海皇一方的戰力，哈迪斯還特地伸出援手，復活了包括加隆在內的海將軍，他們要在海皇波塞冬的帶領下阻止復仇女神對人類和大地降下神罰，與涅墨西斯手下的「英魂士」（暫譯）貝雷隆伯、泰蕾普西葛拉、卡德摩斯等展開激戰